Ένα από τα σημαντικότερα προβλήματα που παρουσιάζονται στα δίκτυα άρδευσης είναι τα φραξίματα λόγω ¨ξένων ουσιών¨ (συνήθως χώματος) που μεταφέρονται μέσα στο νερό. Μειώνουν την λειτουργική ικανότητα του συστήματος με αποτέλεσμα να εμφανίζονται κίνδυνοι ανάπτυξης της καλλιέργειες.

Λύση στο παραπάνω πρόβλημα αποτελεί η προληπτική τοποθέτηση φίλτρων καθαρισμού, όπου το τύπος ή το σύστημα που θα επιλεγεί εξαρτάτε με το είδος των ακαθάρτων ουσιών που μεταφέρει το αρδευόμενο νερό.

Σύνηθες συστήματα που χρησιμοποιούνται είναι τα παρακάτω:
Υδροκυκλώνες ή άμμοδιαχωριστές: Λειτουργούν με φυγόκεντρο δύναμη, και σκοπός χρήσης τους είναι ο διαχωρισμός μεγάλων ποσοτήτων άμμου από το νερό. Χρησιμοποιούνται ως πρωτεύοντα φίλτρα και είναι η δυνατών να κατακρατήσουν έως και το 90% της άμμου που μεταφέρεται.

Φίλτρα Σίτας ή Δίσκων: Κατασκευάζονται είτε σε μεταλλικό πλαίσιο είτε σε πλαστικό. Είναι τα πιο συνηθισμένα φίλτρα που χρησιμοποιούνται και σκοπός τους είναι η αφαίρεση οργανικών και ανόργανων σωματιδίων από το νερό. Τοποθετούνται μετά των υδροκυκλώνα (εάν κρίνεται σκόπιμη η χρήση του υδροκυκλώνα) και είναι δυνατόν να επιλεγεί ο βαθμός φίλτρανσης (50-80-100-120-150 mesh). Τα ίδια φίλτρο είναι δυνατόν να συνδυάζουν υδροκυκλωνισμό, ενώ υπάρχουν οι προϋποθέσεις αυτοματοποίησης του καθαρισμού τους.

Χαλικόφιλτρα: Είναι δοχεία που περιλαμβάνουν εσωτερικά χαλίκια. Αποτελούν μοναδική λύση για καθαρισμό νερού με υψηλό φορτίο σωματιδίων οργανικής προέλευσης όπως άλγη, τα οποία κατακρατούνται τα από τα φίλτρα σίτας ή δίσκων άλλα τους προκαλούν γρήγορο φράξιμο. Επίσης είναι πολύ αποτελεσματικά σε περίπτωση ανόργανων σωματιδίων όπως άργιλο-πηλώδη τα οποία δεν κατακρατούνται από τα φίλτρα σίτας και δίσκων ή από τους υδροκυκλώνες.

Σε κάθε περίπτωση η επιλογή του τύπου φιλτραρίσματος εξαρτάτε από το πρόβλημα που υπάρχει στο νερό, το κόστος, τις προϋποθέσεις λειτουργίας που προκαθορίζουν οι κατασκευαστές των μίκρο-εκτοξευτήρων και των εκτοξευτήρων, των σταλάκτων οι άλλων τύπου διανεμητών νερού.